La comptabilité écologique au niveau des organisations, telle que développée et expérimentée dans le cadre de la chaire, renvoie à l'extension de leur langage premier - à savoir la comptabilité financière (bilan, compte de résultats et annexes) - pour y intégrer, de manière structurée, les enjeux de soutenabilité forte. (cf. "Ce qu'est la comptabilité écologique en durabilité forte selon la chaire" - lien externe).
Il s'agit ainsi de transformer ces systèmes comptables - et permettre une évolution à terme de la normalisation comptable - pour qu'ils protègent les systèmes socio-écologiques de la même façon qu'ils le font pour le capital financier.
Un des enjeux est de fournir une redéfinition des notions-clés comptables tels que le résultat, la richesse, la dette, l'analyse des performances, etc. pour les aligner sur une vision intégrée et en soutenabilité forte. Pour cela, les travaux sur ce niveau de comptabilité s'articulent avec la comptabilité écosystème-centrée, afin de définir les niveaux de préservation à prendre en compte, et avec la comptabilité nationale, pour relier analyses micro et macro.